Cross-amplified microsatellite loci for the red brocket deer complex (Mazama americana Erxleben, 1777) / Prospecção de lócus microssatélites para o complexo de espécies de veado-mateiro (Mazama americana Erxleben, 1777)
DOI:
https://doi.org/10.34188/bjaerv5n1-023Palavras-chave:
Cervidae, molecular marker.Resumo
The red brocket deer is defined as a complex of cryptic species within Mazama americana due to an important taxonomic uncertainty related to the karyotypic differences, therefore the species is categorized as ‘data deficient’ in IUCN red list. Despite its wide distribution, the red brocket’s habitat is shrinking and becoming fragmented, limiting the species to small and isolated populations. In this study, 30 microsatellite loci, developed for Mazama gouazoubira, were tested for the M. americana complex using samples from its entire geographic distribution and all genetic variants. Among the tested microsatellites, 22 amplified successfully in all samples and a part of those were sequenced to identify and confirm the microsatellite region. The set of identified primers can be used in population studies of M. americana.
Referências
Abril VV; Carnelossi EAG; González S; Duarte JMB (2010) Elucidating the Evolution of the Red Brocket Deer Mazama americana Complex (Artiodactyla; Cervidae). Cytogenetic and Genome Research 128:177-187.
Abdelkrim J; Robertson BC; Stanton JAL; Gemmell NJ (2009) Fast, cost-effective development of species-specific microsatellite markers by genomic sequencing. BioTechniques. 46:185-192.
Barbará T; Palma-Silva C; Paggi GM; Bered F; Fay MF; Lexer C (2007) Cross-species transfer of nuclear microsatellite markers: potential and limitations. Molecular Ecology. 16:3759-69.
Beja‐Pereira A; Oliveira R; Alves PC; Schwartz MK; Luikart G (2009) Advancing ecological understandings through technological transformations in noninvasive genetics. Molecular Ecology Resources, 9:1279–1301.
Bodmer RE (1997) Ecologia e conservação dos veados-mateiro e catingueiros na Amazônia. In: Duarte, J.M.B. (Ed.) Biologia e Conservação de Cervídeos Sul-Americanos: Blastocerus, Ozotoceros e Mazama. Jaboticabal: FUNEP, 5:70-77.
Caparroz R; Mantellatto AMB; Bertioli D; Figueiredo M; Duarte JMB (2015) Characterization of the complete mitochondrial genome and a set of polymorphic microsatellite markers through next-generation sequencing for the brown brocket deer Mazama gouazoubira. Genetics and Molecular Biology, 38:338-345.
Clinchy M; Taylor AC; Zanette LY; Krebs CJ; Jarman PJ (2004) Body size, age and paternity in common brushtail possums (Trichosurusvulpecula). Molecular Ecolology, 13:195-202.
Cosse M; González S; Maldonado JE (2007) Cross-amplification tests of ungulate primers in the endangered Neotropical pampas deer (Ozotocerosbezoarticus). Genetics and Molecular Research, 6:1118-1122.
Costa MC; Oliveira PRRJR; Davancëo PV; Camargo CD; Laganaro NM; Azeredo RA, et al. (2017) Recovering the Genetic Identity of an Extinct-in-the-Wild Species: The Puzzling Case of the Alagoas Curassow. PLoS ONE, 12:1-18.
Cursino MS; Salviano MB; Abril VV; Zanetti ES; Duarte JMB (2014) The role of chromosome variation in the speciation of the red brocket deer complex: the study of reproductive isolation in females. BMC Evolutionary Biology, 14:40.
Dalla Vecchia ACD; Biondo C; Sanches A; Keuroghlian A; Myaki CY; Galetti Jr PM; Galetti M (2011) Isolation and characterization of microsatellite loci for white-lipped peccaries (Tayassupecari) and crossamplification in collared peccaries (Pecaritajacu). Conservation Genetics Resources, 3:151-154.
Duarte JMB; González S; Maldonado JE (2008) The surprising evolutionary history of South American deer. Molecular Phylogenetics and Evolution, 49:17–22.
Duarte JMB; Talarico ÂC; Vogliotti A; Garcia JE; Oliveira ML; Maldonado JE; González S (2017) Scat detection dogs, DNA and species distribution modelling reveal a diminutive geographical range for the vulnerable small red brocket deer Mazama bororo. Oryx, 19:1–9.
Duarte JMB; Vogliotti A (2016) Mazama americana. The IUCN Red List of Threatened Species 2016: e.T29619A22154827.
Eisemberg JF (1989) Mammals of the Neotropics. The University of Chicago Press, 1:449.
Emmons LH (1990) Neotropical Rainforest Mammals, a field guide. The University of Chicago Press, Chicago, 281p.
Ferreira ME; Grattapaglia D (1996) Introdução ao uso de marcadores RAPD e RFLP em análise genética. Brasília: EMBRAPA – CENARGEN, 220p.
Guichoux E; Lagache L; Wagner S. et al. (2011). Current trends in microsatellite genotyping. Molecular Ecology Resources, 11:591-611.
IUCN (2016) IUCN Red List Threatened Species. IUCN Red List Unit, International Union for Conservation of Nature and Natural Resources, Cambridge, United Kingdom.
Jiménez, ÁP; Albarracín, MY; Estupiñán, S (2017) Variabilidad genética del cerdo Congo Santandereano mediante marcadores microsatellite. Archivos de zootecnia, 66:599-602.
Mantellatto, AMB; Carnelossi EAG.; Duarte JMB (2010) Transferability of microsatellite loci from exotic Cervidae to Brazilian brocket deer (Mazama spp, Mammalia: Cervidae). Genetics and Molecular Research, 9:277-282.
Mantellatto AMB; Caparroz R; Christofoletti MD; Piovezan U; Duarte JMB (2017) Genetic diversity of the pampas deer (Ozotoceros bezoarticus) population in the Brazilian Pantanal assessed by combining fresh fecal DNA analysis and a set of heterologous microsatellite loci. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto , 40:774-780.
Maran LHM (2016) Filogenia molecular de Mazama americana (Artiodactyla: Cervidae) como auxilio na resolução das incertezas taxonômicas. 2016. 55 f. Dissertação (Mestrado em genética e melhoramento animal) – Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho”, Jaboticabal.
Mondol S; Moltke I; Hart J; Keigwin M; Brown L; Stephens M; Wasser SK (2015) New evidence for hybrid zones of forest and savanna elephants in Central and West Africa. Molecular Ecology, 24:6134–6147.
Leding FT (2000) Founder effects and the genetic structure of coulter pine. The American genetic association v.91, p,307-315, 2000.
Le Gouar P; Rigal F; Boisselier-Dubayle MC; Sarrazin F; Arthur C; Choisy JP; Hatzofe O; Henriquet S; Lécuyer P; Tessier C; Susic G; Samadi S (2008) Genetic variation in a network of natural and reintroduced populations of Griffon vulture (Gyps fulvus) in Europe. Conservation Genetics, 9:349-359.
Liberg O; Andren H; Pedersen HC; Sand H; Seiberg D; Wabakken P; Akesson M; Bensch S (2005) Severe inbreeding depression in a wild wolf population Canis lupus. BiologyLetters, 1:17-20.
Luduvério DJ (2018) O status taxonômico te Cervus rufus Illiger, 1811 e sua caracterização genética e morfológica. 2018. 67f. Dissertação (Mestrado em genética e melhoramento animal) – Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho”, Jaboticabal.
Oliveira ML; Norris D; Ramírez JFM; Peres PHF; Galetti M; Duarte JMB (2012) Dogs can detect scat samples more efficiently than humans: an experiment in a continuous Atlantic Forest remnant. Zoologia (Curitiba), Curitiba, 29:183-186.
Rincón AC (2016) Caracterização morfológica, citogenética e molecular de Mazama americana (Artiodactyla: Cervidae) a partir de um topótipo atual. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento Animal). Universidade Estadual Paulista “Julio de Mesquita Filho”, Jaboticabal, Brasil.
Sambrook J; Fritsch E; Maniats T (1989) Molecular Cloning: a Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Press, New York.
Salviano MB; Cursino MS; Zanetti ES; Abril VV; Duarte JMB (2017) Intraspecific chromosome polymorphisms canlead to reproductive isolation and speciation: anexample in red brocket deer (Mazama americana).Biology of Reproduction, 96:1279–1287.
Selkoe KA; Toonen RJ (2006) Microsatellites for ecologists: a practical guide tousing and evaluating microsatellite markers. Ecology Letters, 9:615–29.
Sharma PC; Grover A; Kahl G (2007) Mining microsatellites in eukaryotic genomes. Trends in Biotechnology, 25:490–498.
Varela DM; Trovati RG; Guzmán KR; Rossi RV; et al (2010) Red Brocket Deer – Mazama americana. In: Neotropical Cervidology; Biology and Medicine of Latin American Deer (Duarte JMB and Gonzalez S, eds.). FUNEP/IUCN, Jaboticabal, 151-159.
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