Primer borrador del genoma de cepas virulenta y atenuada de Babesia bovis de origen mexicano

First draft of the genome of virulent and attenuated strains of Babesia bovis from mexico

Resumo

Babesia bovis, un parásito protozoario intraeritrocítico transmitido por garrapatas, es uno de los agentes etiológicos de la babesiosis bovina, una enfermedad altamente prevalente en las regions tropicales y subtropicales que causa una morbilidad y mortalidad significativas en el Ganado. Para poder eventualmente comparar los genomas de una cepa virulenta y una atenuada de B. bovis, el objetivo de este estudio fue secuenciar y ensamblar un borrador del genoma para cada cepa del parásito. Eritrocitos de bovino infectados con las dos poblaciones de B. bovis fueron sujetos a una extracción de ADN genómico con fenol y cloroformo orgánico. Se utlizaron 20-30 µg de ADN genómico de cada población de parásitos para la preparación de bibliotecas de ADN, con réplicas técnicas para cada cepa, utilizando el Kit Nextera Xt. La secuenciación de las bibliotecas se llevó a cabo con el procedimiento tipo escopeta en el Instituto de Biotecnología de la UNAM. Se obtuvieron 5,239,525 pares de lecturas de extremo pareado de buena calidad para la cepa atenuada de B. bovis, y 8,237,626 pares de lecturas pareadas para la cepa virulenta. Los genomas se ensamblaron utilizando el programa Spades v3.13.1. obteniéndose un total de 625 contigs con una cobertura de 480x para la cepa atenuada y un total de 2,274 contigs con una cobertura de 130x para la cepa virulenta. La secuenciación y el ensamblado del genoma demostró que la cepa atenuada de B. bovis contiene 7,962,396 pb, mientras que la cepa virulenta 8,760,816 pb, lo que representa una diferencia de 9.11% en el recuento total de pares de bases. Resta realizar la anotación de los genomas para identificar las diferencias que posiblemente estén asociadas a la virulencia o patogenicidad de B. bovis.